厚労省では、下記の３つの計画年休に関して、労使協定の内容は異なり、例えば、以下のような内容を協定で定めることが考えられるとしています（昭63・１・１基発１号、平22・５・18基発0518第１号）。

１　事業場全体の休業による一斉付与の場合には、具体的な年次有給休暇の付与日
２　班別の交替制付与の場合には、班別の具体的な年次有給休暇の付与日
３　年次有給休暇付与計画表による個人別付与の場合には、計画表を作成する時期、手続等（具体的な年次有給休暇の付与はその計画表によって定まることになる）

　ご質問は上記３ということでしょう。

社員がいつまでに年休を指定するか等のルールも定める、ということになります。