年休を繰越し分か、発生した年の年休のどちらかから消化させるかは、「当事者の合意によるが、労働者の時季指定権行使は繰越し分からなされていくと推定すべき」というのが学説です。とくに定めがなければ、労働者にとって有利なように扱います。

　時間単位年休を導入した年にはじめて年休が付与された者が、時間単位で取得して端数が生じた場合には、端数のまま繰り越す必要があります。

　一方、前年からの繰越分がある者についてはどうでしょうか。まず、（１）繰り越した日数の中から時間単位年休を取得すると考え、（２）そこから日単位あるいは時間単位で取得することになります。２年目で時効消滅する部分を、時間単位で請求した残りの端数があるからといって、さらに翌年（３年目）まで繰り越す必要性は時効の面からはないように思われます。