琉球大学は時間外・休日・深夜の割増賃金について、一部で不払いがあったと公表した。平成31年４月～令和４年２月までで、1994人に計7536万円が支払われていなかったとしている。

　不払いは諸手当の一部を割増賃金の算定基礎に含めていなかったことが原因で起きた。労働基準法の適用が始まった平成16年４月の法人化以降、法律の違反状態が継続していたという。不払いの割増賃金は31年４月以降分については３月にまとめて支払う。31年３月以前については消滅時効を援用するとした。