フレックスタイム制は、「清算期間を平均して週40時間以内であれば、１日８時間、週40時間を超えて労働しても、割増賃金が発生しない」仕組みです。

　従来、清算期間は最長１カ月とされていましたが、平成31年４月改正で３カ月に延びました。ただし、期間が１カ月超３カ月以内の場合、規制事項が追加されています。

①　労基署への届出が必要（様式３号の３）
②　協定に有効期間も記載
③　過重労働防止の仕組みを整備
④　途中採用・退職者の賃金清算規定を追加

　このうち、実務的に複雑な③④について解説します。

　まず、③ですが、従来のフレックス制（１カ月以内）の場合は、清算期間が終了した時点で時間外の有無（割増賃金の要否）を判断します。

　しかし、期間が１カ月を超えると、上記に加え、１カ月単位のチェックも必要になります。第１段階として「１カ月ごとに区分した期間ごとに平均して１週50時間」を超えると、その部分が時間外労働として割増賃金の対象になります。

　次に、第２段階として、清算期間全体で「週平均40時間を超える部分」があるか否かをチェックします。ただし、１カ月単位で「週50時間」を超え、既に割増賃金を支払った部分については除くことができます。

　次に④ですが、フレックスタイム制の場合、日ごとの労働時間に変動があります。このため、清算期間の途中で入社した人、あるいは退職した人は、通算して週40時間を超えて働いているケースがあります。

　平成31年４月改正では、清算期間が長くなると、その不利益が大きくなるため、期間が１カ月超の場合に限り、清算規定を新設しました。勤務期間を平均して週40時間を超えているときは、その部分について割増賃金を追加で支払う義務が生じます。