現在の通達（平30・９・７基発0907第１号）では、「なお、所定の手続がとられ、限度時間を超えて労働時間を延長する際、その旨を届け出る必要はないが、労使当事者間においてとられた所定の手続の時期、内容、相手方等を書面等で明らかにしておく必要があること」としています。書面で明らかにするのがいいでしょう。